Nexia-faq / Daewoo Nexia (Дэу Нексия) тюнинг и ремонт

Title	Daewoo Nexia (Дэу Нексия) тюнинг и ремонт
Description	Ремонт и тюнинг Дэу Нексии стал еще доступнее! Вы сможете улучшить свой автомобиль, доработать практически до совершенства — и все можно сделать своими руками.
Keywords	дэу нексия, daewoo nexia, нексия, nexia, тюнинг дэу нексия, ремонт дэу нексия, доработка нексии

Site	Rank
nexia-club.ru	#562,705
ekb-nexiaclub.ru	#4,198,628
daewooclub.ru	#981,367
nexia-club. com.ua	#4,043,454
daewoo.biz	#2,764,475

ngcdn.ru

nic-pnb.ru

nica.ru

nikio.ru

ninjaclub.ru

nipigas.ru

nissa-biysk.net

nk.life

nkozlov.ru

nlrs.ru

thaimiceconnect.com

thealtnow. com

Purchase/Sale Value	US$60,563
Daily Ads Revenue	US$33
Monthly Ads Revenue	US$995
Yearly Ads Revenue	US$12,112
Daily Unique Visitors	5,822
Note: All traffic and earnings values are estimates.

Host	Type	TTL	Data
nexia-faq.ru	A	3599	IP: 46.36.223.237
nexia-faq.ru	AAAA	3599	IPv6: 2a03:f480:1:14:0:0:0:94
nexia-faq. ru	MX	3599	Priority: 10 Target: mail.nexia-faq.ru.
nexia-faq.ru	NS	3599	Target: dns.fastdns24.com.
nexia-faq.ru	NS	3599	Target: dns2.fastdns24.org.
nexia-faq.ru	NS	3599	Target: dns3.fastdns24.eu.
nexia-faq. ru	NS	3599	Target: dns4.fastdns24.link.
nexia-faq.ru	TXT	3599	TXT: v=spf1 ip4:46.36.223.237 ip6:2a03:f480:1:14::94 a mx ~all
nexia-faq.ru	SOA	3599	MNAME: dns.fastdns24.com. RNAME: support.fastvps.ru. Serial: 2019080208 Refresh: 10800 Retry: 3600 Expire: 604800 Minimum TTL: 3600

HTTP/1. 1 301 Moved Permanently
Server: nginx/1.14.2
Date: Thu, 02 Jan 2020 00:47:16 GMT
Content-Type: text/html
Content-Length: 185
Connection: keep-alive
Location: http://www.nexia-faq.ru/
HTTP/1.1 200 OK
Server: nginx/1.14.2
Date: Thu, 02 Jan 2020 00:47:17 GMT
Content-Type: text/html; charset=utf-8
Transfer-Encoding: chunked
Connection: keep-alive
X-Powered-By: PHP/5.6.40-0+deb8u7
P3P: CP="NOI ADM DEV PSAi COM NAV OUR OTRo STP IND DEM"
Expires: Mon, 1 Jan 2001 00:00:00 GMT
Cache-Control: post-check=0, pre-check=0
Pragma: no-cache
Set-Cookie: 9d7f9db5dc1849eac3b1aadf0ea95189=e8cb5b7e73dc0156088de69d7826585d; expires=Tue, 22-Mar-2022 05:13:56 GMT; Max-Age=70000000; path=/
Last-Modified: Thu, 02 Jan 2020 00:47:17 GMT
Vary: Accept-Encoding

domain:        NEXIA-FAQ.RU
nserver:       dns2.fastdns24.org.
nserver:       dns3.fastdns24.eu.
nserver:       dns4.fastdns24.link.
nserver:       dns. fastdns24.com.
state:         REGISTERED, DELEGATED, UNVERIFIED
person:        Private Person
registrar:     REGRU-RU
admin-contact: http://www.reg.ru/whois/admin_contact
created:       2010-09-01T15:00:43Z
paid-till:     2020-09-01T16:00:43Z
free-date:     2020-10-02
source:        TCI
Last updated on 2020-01-02T00:46:34Z

Access nexia-faq.ru. Daewoo Nexia FAQ —

First Response

254 ms

Resources Loaded

2.3 sec

Page Rendered

About Website

Click here to check amazing Nexia FAQ content for Russia. Otherwise, check out these important facts you probably never knew about nexia-faq.ru

Ремонт и тюнинг Дэу Нексии стал еще доступнее! Вы сможете улучшить свой автомобиль, доработать практически до совершенства — и все можно сделать своими руками.

Key Findings

We analyzed Nexia-faq. ru page load time and found that the first response time was 254 ms and then it took 2.5 sec to load all DOM resources and completely render a web page. This is quite a good result, as only 45% of websites can load faster.

name

value

score

weighting

FCP (First Contentful Paint)

Value4.1 s

21/100

10%

LCP (Largest Contentful Paint)

Value5.4 s

19/100

25%

SI (Speed Index)

Value6.4 s

41/100

10%

TBT (Total Blocking Time)

Value600 ms

50/100

30%

CLS (Cumulative Layout Shift)

Value0.007

100/100

15%

TTI (Time to Interactive)

Value8.3 s

39/100

10%

nexia-faq.ru

254 ms

www.nexia-faq.ru

318 ms

mootools.js

167 ms

caption.js

167 ms

system.css

182 ms

Our browser made a total of 36 requests to load all elements on the main page. We found that 78% of them (28 requests) were addressed to the original Nexia-faq. ru, 8% (3 requests) were made to An.yandex.ru and 6% (2 requests) were made to Counter.yadro.ru. The less responsive or slowest element that took the longest time to load (538 ms) belongs to the original domain Nexia-faq.ru.

Content Size

551.4 kB

After Optimization

375.7 kB

In fact, the total size of Nexia-faq.ru main page is 551.4 kB. This result falls beyond the top 1M of websites and identifies a large and not optimized web page that may take ages to load. 25% of websites need less resources to load. Images take 336.9 kB which makes up the majority of the site volume.

HTML Optimization

-83%

Potential reduce by 78.5 kB

• Original 94.9 kB
• After minification 94.0 kB
• After compression 16.4 kB

HTML content can be minified and compressed by a website’s server. The most efficient way is to compress content using GZIP which reduces data amount travelling through the network between server and browser. HTML code on this page is well minified. It is highly recommended that content of this web page should be compressed using GZIP, as it can save up to 78.5 kB or 83% of the original size.

Image Optimization

-2%

Potential reduce by 7.8 kB

• Original 336.9 kB
• After minification 329.1 kB

Image size optimization can help to speed up a website loading time. The chart above shows the difference between the size before and after optimization. Nexia FAQ images are well optimized though.

JavaScript Optimization

-72%

Potential reduce by 58.8 kB

• Original 81.9 kB
• After minification 81.0 kB
• After compression 23. 1 kB

It’s better to minify JavaScript in order to improve website performance. The diagram shows the current total size of all JavaScript files against the prospective JavaScript size after its minification and compression. It is highly recommended that all JavaScript files should be compressed and minified as it can save up to 58.8 kB or 72% of the original size.

CSS Optimization

-81%

Potential reduce by 30.6 kB

• Original 37.7 kB
• After minification 34.2 kB
• After compression 7.1 kB

CSS files minification is very important to reduce a web page rendering time. The faster CSS files can load, the earlier a page can be rendered. Nexia-faq.ru needs all CSS files to be minified and compressed as it can save up to 30.6 kB or 81% of the original size.

Requests Now

32

After Optimization

25

The browser has sent 32 CSS, Javascripts, AJAX and image requests in order to completely render the main page of Nexia FAQ. We recommend that multiple CSS and JavaScript files should be merged into one by each type, as it can help reduce assets requests from 8 to 1 for JavaScripts and as a result speed up the page load time.

nexia-faq.ru

nexia-faq.ru

254 ms

www.nexia-faq.ru

www.nexia-faq.ru

318 ms

mootools.js

mootools.js

167 ms

caption.js

caption.js

167 ms

system.css

system.css

182 ms

template.css

template.css

176 ms

highslide.css

highslide.css

180 ms

transfers.js

transfers.js

182 ms

jquery.min.js

jquery.min.js

17 ms

share42.js

share42.js

257 ms

watch.js

watch.js

1 ms

top100.cnt

top100.cnt

415 ms

zpage_bg2.png

zpage_bg2.png

84 ms

zheader.jpg

zheader.jpg

463 ms

zlogo13.png

zlogo13.png

173 ms

zzmenu.png

zzmenu. png

200 ms

zt_menu_bg.png

zt_menu_bg.png

111 ms

zdt_menu_bg.png

zdt_menu_bg.png

131 ms

D0C2CFB9F9D4-5.jpg

D0C2CFB9F9D4-5.jpg

277 ms

club-karta.jpg

club-karta.jpg

324 ms

tun1.jpg

tun1.jpg

329 ms

tun2.jpg

tun2.jpg

280 ms

tun3.jpg

tun3.jpg

296 ms

tun4.jpg

tun4.jpg

358 ms

statbar.png

statbar.png

538 ms

content42.png

content42.png

340 ms

box2.png

box2.png

349 ms

menu_arrow.gif

menu_arrow.gif

350 ms

context.js

context.js

260 ms

context_static_r1084.js

context_static_r1084.js

340 ms

84437

206 ms

menu.png

menu.png

438 ms

content_b.png

content_b.png

87 ms

hit

297 ms

hit

136 ms

icons.png

icons.png

102 ms

Accessibility Issues

These are opportunities to improve the semantics of the controls in your application. This may enhance the experience for users of assistive technology, like a screen reader.

High

Buttons do not have an accessible name

These are opportunities to improve the legibility of your content.

High

Background and foreground colors do not have a sufficient contrast ratio.

Areas of Improvement

High

Does not use HTTPS

High

Requests the notification permission on page load

Low

Ensure CSP is effective against XSS attacks

High

Displays images with incorrect aspect ratio

High

Serves images with low resolution

Low

Detected JavaScript libraries

High

Browser errors were logged to the console

Search Engine Optimization Advices

Make sure your pages are mobile friendly so users don’t have to pinch or zoom in order to read the content pages. [Learn more](https://developers.google.com/search/mobile-sites/).

High

Document uses legible font sizes

Language and Encoding

• Language Detected

  RU

• Language Claimed

  RU

• Encoding

  UTF-8

Language claimed in HTML meta tag should match the language actually used on the web page. Otherwise Nexia-faq.ru can be misinterpreted by Google and other search engines. Our service has detected that Russian is used on the page, and it matches the claimed language. Our system also found out that Nexia-faq.ru main page’s claimed encoding is utf-8. Use of this encoding format is the best practice as the main page visitors from all over the world won’t have any issues with symbol transcription.

Social Sharing Optimization

nexia-faq.ru

Open Graph description is not detected on the main page of Nexia FAQ. Lack of Open Graph description can be counter-productive for their social media presence, as such a description allows converting a website homepage (or other pages) into good-looking, rich and well-structured posts, when it is being shared on Facebook and other social media. For example, adding the following code snippet into HTML <head> tag will help to represent this web page correctly in social networks:

Паразит-фаг использует эффекторную нуклеазу для ингибирования репликации вируса-хозяина

Кристен Н Лего ¹ , Захари К. Барт ¹ , Питер ДеПаола ¹ , Кимберли Д Сид ^{1 2}

Принадлежности

• ¹ Кафедра биологии растений и микробов, Калифорнийский университет, Беркли, 271 Кошланд Холл, Беркли, Калифорния 94720, США.
• ² Биохаб Чана Цукерберга, Сан-Франциско, Калифорния 94158, США.

• PMID: 35066583
• PMCID: PMC9410903
• DOI: 10. 1093/нар/gkac002

Кристен Н. Лего и др. Нуклеиновые Кислоты Res. 2022 .

Авторы

Кристен Н Лего ¹ , Захари К. Барт ¹ , Питер ДеПаола ¹ , Кимберли Д Сид ^{1 2}

Принадлежности

• ¹ Кафедра биологии растений и микробов, Калифорнийский университет, Беркли, 271 Кошланд Холл, Беркли, Калифорния 94720, США.
• ² Биохаб Чана Цукерберга, Сан-Франциско, Калифорния 94158, США.

• PMID: 35066583
• PMCID: PMC9410903
• DOI: 10.1093/нар/gkac002

Абстрактный

PLE (индуцируемые фагами хромосомные островковые элементы) представляют собой фаговые паразиты, интегрированные в хромосому эпидемического холерного вибриона. В ответ на заражение своим вирусным хозяином ICP1 PLE вырезает, реплицирует и захватывает структурные компоненты ICP1 для трансдукции. С помощью неизвестного механизма PLE предотвращает переход ICP1 к репликации по катящемуся кругу (RCR), что является необходимым условием для эффективной упаковки вирусного генома. Здесь мы характеризуем нуклеазу, кодируемую PLE, NixI, которая блокирует развитие фага, вероятно, взламывая геном ICP1 при его переходе к RCR. NixI-зависимые сайты расщепления появляются в геноме ICP1 при инфицировании PLE(+) V. cholerae. Очищенный NixI демонстрирует in vitro нуклеазную активность конкретно в отношении сайтов в геноме ICP1, и мы идентифицируем мотив, необходимый для NixI-опосредованного расщепления. Важно отметить, что NixI достаточно, чтобы ограничить репликацию генома ICP1 и устранить производство потомства, что представляет собой наиболее ингибирующий механизм, кодируемый PLE, обнаруженный на сегодняшний день. Мы идентифицируем отдаленные гомологи NixI в расширенном семействе предполагаемых фаговых паразитов в вибрионах, у которых отсутствует гомология нуклеотидов с PLE, но, тем не менее, общая геномная синтения с PLE. В более общем плане наши результаты раскрывают ранее неизвестный механизм, используемый фаговыми паразитами для ограничения упаковки генома их вирусных хозяев, и подчеркивают важную роль эффекторов нуклеаз как оружия в гонке вооружений между противоборствующими геномами.

Резюме на простом языке

Паразиты вирусов, часто называемые спутниками, встречаются во всех сферах жизни и неоднократно независимо использовались для защиты хозяина в различных системах вирус-хозяин. В этом исследовании описывается механизм, с помощью которого такой элемент предотвращает заражение бактериальным вирусом («фагом») холерным вибрионом и родственными бактериями. Исследование представляет широкий интерес для исследователей, интересующихся взаимодействием фаг-хозяин и микробной генетикой.

© The Author(s) 2022. Опубликовано Oxford University Press от имени Nucleic Acids Research.

Цифры

Геном ICP1 проявляет признаки…

Геном ICP1 проявляет признаки расщепления при инфицировании PLE(+) V. cholerae . (…

Геном ICP1 проявляет признаки расщепления при инфицировании PLE(+) V. cholerae . ( A ) Модель инфекции ICP1 в PLE(+) V. cholerae : Вирус-хозяин ICP1 вводит свой геном, вызывая вырезание PLE и экспрессию гена. Как ICP1, так и PLE изначально реплицируют свои геномы, но в середине инфицирования PLE предотвращает дальнейшее увеличение копии генома ICP1 и ингибирует переход ICP1 к RCR. PLE захватывает структурные белки ICP1 для упаковки, и потомство ICP1 не образуется. Vibrio cholerae лизирует ∼20 mpi, высвобождая только частицы, трансдуцирующие PLE. ( B ) Соотношение расщепления PLE(+)/PLE(-) в положении генома ICP1 (ось x ), показывающее наиболее заметный предполагаемый участок разреза в gp121 ICP1, причем два предполагаемых участка разреза обозначены красным треугольники и нуклеотиды, граничащие с областью разреза выше. Коэффициент расщепления рассчитывается как среднее покрытие трех биологических повторностей. ( C ) То же, что и на (B), но показывает другую наиболее заметную область разреза в пределах 9 ICP1.0113 гп156 . Дополнительные места разреза приведены на дополнительной фигуре S1A. ( D ) WebLogo, отображающий согласованный мотив для участков разреза в gp121 и gp156 , при этом участок разреза обозначен красным треугольником.

PLE кодирует нуклеазу, NixI,…

PLE кодирует нуклеазу NixI, которая разрезает геном ICP1 in vivo и в…

PLE кодирует нуклеазу NixI, которая разрезает геном ICP1 in vivo и in vitro . ( A ) Выравнивание MUSCLE каталитического ядра самонаводящихся эндонуклеаз фага, кодируемых интроном, включая I-HmuI, где домен активного сайта I-HmuI выделен серым цветом, а остатки, которые имеют > 70% идентичности, выделены оранжевым/красным цветом. Красная звездочка выше 95N обозначает экспериментально подтвержденный каталитический остаток аспарагина из I-HmuI (29). ( B ) Серия десятикратных разведений среднелогарифмически выращенных V. cholerae , содержащих плазмиды для индуцируемой экспрессии nixI , nixI с предполагаемым каталитическим аспарагином, мутированным в аланин (N95A), или контрольным пустым вектором , отмеченные на чашках +/- индуктор. ( C ) Коэффициенты охвата PLE(+)/PLE(-) и PLE(+)Δ nixI /PLE(-) по предполагаемым расщепленным генам ICP1 gp121 и gp156 , как показано на рисунке 1. В скобках выше указаны области, клонированные в плазмиды и используемые в качестве ДНК-субстрата для анализов in vitro . ( D ) Разрезание in vitro очищенным NixI в концентрациях, указанных выше, в геле или 500 нМ NixI ^N95A пустой векторной плазмиды, показаны линеаризованные или разрезанные контрольные плазмиды. ( E ) То же, что и в (D), но с разрезом pGp121. Для (D) и (E) CCC = ковалентно замкнутая кольцевая ДНК и OC = открытая кольцевая ДНК. ( F ) Измерения денситометрии с расчетом процента субстрата, расщепленного при различных концентрациях NixI (концентрации указаны на оси x ) или 500 нМ NixI ^N95A пустой векторной плазмиды или pGp121. Высота столбца представляет собой среднее значение, а точки представляют собой результаты независимых анализов. Звездочками отмечены статистически значимые различия между расщеплением пустой векторной плазмиды и pGp121 (* P  < 0,0278, ** P  < 0,0079, ^**** P  < 0,0001, где звездочки не показаны, различий обнаружено не было, двухфакторный дисперсионный анализ, коррекция Сидака).

Требуется мотив консенсуса…

Консенсусный мотив необходим для NixI-опосредованного разрезания и связывания ДНК. ( А…

Консенсусный мотив необходим для NixI-опосредованного разрезания и связывания ДНК. ( A ) Измерения денситометрии с расчетом процента субстрата, отщепленного от нуклеазы in vitro при различных концентрациях NixI (концентрации указаны на оси x ) или 500 нМ NixI ^N95A pGp156 (как показано на Рисунок 2C) или pGp156*, которые являются идентичными векторами, за исключением нуклеотидных замен, сделанных в консенсусном мотиве, указанном справа. Высота столбца представляет собой среднее значение, а точки представляют собой результаты независимых анализов. Звездочки указывают на статистически значимые различия между расщеплением pGp156 и pGp156* (* P  < 0,0332, где звездочки не показаны, различий обнаружено не было, двухсторонний ANOVA, коррекция Сидака). ( B ) EMSA с использованием зондов длиной 100 п.н. внутри gp156 , содержащих мотив GTAATCTT (схема вверху, идентифицированный участок разреза показан красным) или мутантное производное gp156* , инкубированное с NixI ^N95A (NixI*) в концентрация указана над гелем. ( C ) Денситометрические измерения трех независимых EMSA, показывающие NixI ^N95A (NixI*) связывание с зондом дикого типа или мутантным gp156 . Высота столбца представляет собой среднее значение, а точки представляют собой результаты независимых анализов. Звездочками отмечены статистически значимые различия между связыванием gp156 и gp156 * (** P  < 0,0021, *** P  < 0,0002, где звездочки не показаны, различий обнаружено не было, двусторонний 9011 3 т -тест, коррекция Сидака).

NixI необходим и достаточен…

NixI необходим и достаточен для ингибирования репликации генома ICP1 и достаточен для…

NixI необходим и достаточен для ингибирования репликации генома ICP1 и достаточен для ингибирования продукции потомства ICP1. ( A ) Схема анализа ECOI, где ICP1 продуцируется в результате одного цикла инфекции в интересующем штамме (здесь экспрессия nixI , справа) определяется количественно как отношение количества фагов, продуцируемых пермиссивным хозяином (слева). ( B ) ECOI ICP1 на PLE(-) V. cholerae , экспрессирующих nixI или nixI ^N95A из плазмиды, по сравнению с потомством фага, полученным из индуцированного пустого контроля вектора. Пунктирная линия показывает, где выход фага-потомка равен входному фагу. ( C ) ECOI ICP1 в PLE(+) V. cholerae или PLE(+)Δ nixI относительно потомства фага, полученного из пермиссивного контроля. Пунктирная линия показывает, где выход фага-потомка равен входному фагу. ( D ) Эффективность репликации ICP1 в штаммах PLE(+), указанная по сравнению с заражением пермиссивным PLE(-) V. cholerae , содержащим контрольный пустой вектор (пунктирная линия) 20 mpi, по оценке количественной ПЦР. ( E ) Эффективность репликации ICP1 при PLE(-) V. cholerae , предварительно индуцированный для экспрессии указанного гена, относительно инфекции пермиссивного PLE(-) V. cholerae , несущий пустой контрольный вектор (пунктирная линия) 20 мпи, по оценке количественной ПЦР. Для (B)–(E) высота столбца отображает среднее значение, а точки указывают на независимые биологические повторы.

PLE защищен от опосредованного NixI…

PLE защищен от NixI-опосредованного расщепления независимо от идентичности последовательности. ( А )…

PLE защищен от NixI-опосредованного расщепления независимо от идентичности последовательности. ( A ) Карты генов PLE2 и PLE10, показывающие экземпляры мотива консенсуса в виде красных линий и область, клонированную для создания pPLE2, и ген, который кодирует идентичную аминокислоту, идентичную NixI, показан синим цветом. ( B ) In vitro разрезание NixI (концентрации указаны над гелем) или 500 нМ NixI ^N95A pMotif, который содержит только мотив из 8 п.н. из gp156 (указанного над гелем), отображающий процент расщепленного субстрата как среднее значение трех независимых анализов и стандартное отклонение под гелем. CCC = ковалентно замкнутая кольцевая ДНК; OC = открытая кольцевая ДНК. ( C ) То же, что и в (B), но с разрезанием pPLE2 и отображением линеаризованных плазмидных контролей с разрывами. ( D ) Карта гена сконструированного PLE1, где область из gp121 9 ICP10114 показано разрезанием in vivo, и in vitro. был клонирован на 3′-конце интегрированного PLE. ( E ) Эффективность репликации PLE1, обладающего областью ICP1 gp121 , по сравнению с PLE дикого типа (пунктирная линия) 20 mpi, по оценке с помощью количественной ПЦР. ( F ) Трансдукция PLE1 и PLE1 дикого типа с областью gp121 . Для (E) и (F) высота столбца представляет собой среднее значение, а точки представляют собой результаты независимых анализов.

Рисунок 6.

Требуется выражение nixI …

Рисунок 6.

Выражение nixI требуется для репликации PLE и может увеличить репликацию…

Рисунок 6.

Экспрессия nixI требуется для репликации PLE и может усиливать репликацию PLE с минимальной репликацией (midiPLE). ( A ) Эффективность репликации мутанта PLE V. cholerae и комплементарных производных 20 mpi с помощью ICP1 по сравнению с репликацией PLE дикого типа (пунктирная линия). ( B ) Модель индукции и репликации midiPLE во время инфекции ICP1. Кодируемый плазмидой repA , основной белок репликации PLE (19) и кодируемый хромосомой nixI или пустой вектор предварительно индуцировали за 15 мин до заражения ICP1. Инфекция ICP1 вызывает вырезание midiPLE из хромосома V. cholerae и репликация midiPLE обнаружена с помощью количественной ПЦР. ( C ) Эффективность репликации midiPLE в присутствии и в отсутствие nixI по сравнению с PLE дикого типа (пунктирная линия) 20 мПи. Для (A) и (C) высота столбца указывает среднее значение, а точки представляют собой независимые биологические повторы.

Рисунок 7.

Гомологи NixI характеризуют расширенный…

Рисунок 7.

Гомологи NixI характеризуют расширенное семейство предполагаемых фаговых паразитов в видах Vibrio .…

Рисунок 7.

гомологов NixI характеризуют расширенное семейство предполагаемых фаговых паразитов у видов Vibrio . ( A ) Карты генов (масштаб ниже карты показывает относительное положение нуклеотидов) предполагаемых фаговых паразитов из вибрионов, где гомологи функционально охарактеризованных генов из PLE1 (помечены вверху) окрашены в соответствии с общей предсказанной функцией, идентифицированной доменами PFAM или HHpred. Вверху: фаговые паразиты, интегрированные в области повторов суперинтегрона; внизу: фаговые сателлиты, объединенные в vca0581 , сайт интеграции, общий для PLE 2, 7, 8 и 9. Звездочки используются для обозначения того, где два одинаковых спутника фага встречаются в разных местах одного и того же генома. LSR = большая сериновая рекомбиназа. ( B ) Выравнивание гомологов NixI по MUSCLE, показывающее экспериментально определенный каталитический аспарагин из NixI PLE1 (идентичный NixI из PLE 2 и 10), обведенный красным (N95), и остатки, имеющие > 70% консенсуса, заштрихованы серым цветом. Если в одном и том же штамме было обнаружено более одного спутника, они различаются знаком «-1» или «-2» после названия штамма. ( C ) Жизнеспособность клеток, измеренная в КОЕ/мл V. cholerae , экспрессирующих nixI гомологов из V. cholerae YB2_A06 (VCh) и V. parahaemolyticus s042 (VPa ), покрытый до индукции и 30 мин постиндукционная. Пунктирная линия указывает предел обнаружения. ( D ) Те же цвета, что и на (C), демонстрирующие эффективность репликации ICP1 в штаммах, предварительно индуцированных для экспрессии гомологов nixI , по сравнению с V. cholerae , содержащим пустой контрольный вектор (пунктирная линия) 20 мПи, по оценке количественной ПЦР . Для (C) и (D) высота столбца отображает среднее значение, а точки указывают на независимые биологические повторы.

См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC

Похожие статьи

• Семейство вирусных спутников манипулирует экспрессией генов вторгающегося вируса и может влиять на мобилизацию холерного токсина.

  Барт З.К., Неттер З., Ангермейер А., Бхардвадж П., Сид К.Д. Барт З.К. и др. mSystems. 13 октября 2020 г .; 5 (5): e00358-20. doi: 10.1128/mSystems.00358-20. mSystems. 2020. PMID: 33051375 Бесплатная статья ЧВК.

• Динамика репликации генома бактериофага и его спутника раскрывает стратегии паразитизма и вирусной рестрикции.

  Барт З.К., Сильвас Т.В., Ангермейер А., Сид К.Д. Барт З.К. и др. Нуклеиновые Кислоты Res. 2020 10 января; 48 (1): 249-263. doi: 10.1093/нар/gkz1005. Нуклеиновые Кислоты Res. 2020. PMID: 31667508 Бесплатная статья ЧВК.

• Эволюционные зачистки субвирусных паразитов и их фаговых хозяев приносят уникальные варианты паразитов и исчезновение фаговой системы CRISPR-Cas.

  Ангермейер А., Хейс С.Г., Нгуен М.Х.Т., Джохура Ф.Т., Султана М., Алам М., Сид К.Д. Ангермейер А. и соавт. мБио. 2021 22 февраля; 13 (1): e0308821. doi: 10.1128/mbio.03088-21. Epub 2022 15 февраля. мБио. 2021. PMID: 35164562 Бесплатная статья ЧВК.

• Фаг CTX холерного вибриона: геномика и приложения.

  Пант А, Дас Б, Бхадра РК. Пант А и др. вакцина. 2020 29 февраля; 38 Приложение 1: A7-A12. doi: 10.1016/j.vaccine.2019.06.034. Epub 2019 1 июля. вакцина. 2020. PMID: 31272871 Обзор.

• Механизмы эволюционной гонки вооружений между холерными вибрионами и клиническими изолятами вибриофагов.

  Йен М., Камилли А. Йен М. и др. Интер микробиол. 2017 сен;20(3):116-120. дои: 10.2436/20.1501.01.292. Интер микробиол. 2017. PMID: 29446802 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

Посмотреть все похожие статьи

Цитируется

• Гены нуклеаз занимают границы генетического обмена между бактериофагами.

  Барт З.К., Данхэм Д.Т., Сид К.Д. Барт З.К. и др. bioRxiv. 2023 23 марта: 2023.03.23.533998. дои: 10.1101/2023.03.23.533998. Препринт. bioRxiv. 2023. PMID: 36993569 Бесплатная статья ЧВК.

• Тандемная мобилизация антифаговой защиты вместе с кассетами SCC mec .

  Хоссейн М., Аслан Б., Хатум-Аслан А. Хоссейн М. и др. bioRxiv. 2023 март 18:2023.03.17.533233. дои: 10.1101/2023.03.17.533233. Препринт. bioRxiv. 2023. PMID: 36993521 Бесплатная статья ЧВК.

• Вирусный спутник Vibrio cholerae максимизирует свое распространение и ингибирует фаг путем ремоделирования захваченных белков оболочки фага в небольшие капсиды.

  Бойд К.М., Субраманиан С., Данэм Д.Т., Родитель К.Н., Сид К.Д. Бойд С. М. и соавт. bioRxiv. 2023 март 1: 2023.03.01.530633. дои: 10.1101/2023.03.01.530633. Препринт. bioRxiv. 2023. PMID: 365 Бесплатная статья ЧВК.

• Идентификация и характеристика тысяч спутников бактериофагов среди бактерий.

  de Sousa JAM, Fillol-Salom A, Penadés JR, Rocha EPC. де Соуза ДЖЕМ и др. Нуклеиновые Кислоты Res. 2023 11 апреля; 51 (6): 2759-2777. doi: 10.1093/нар/гкад123. Нуклеиновые Кислоты Res. 2023. PMID: 36869669 Бесплатная статья ЧВК.

• Фаг использует сателлитную рекомбиназу, чтобы разрушить вирусную рестрикцию.

  Нгуен МХТ, Неттер З., Ангермейер А., Сид К.Д. Нгуен МХТ и соавт. Нуклеиновые Кислоты Res. 2022 28 октября; 50 (19): 11138-11153. doi: 10.1093/nar/gkac845. Нуклеиновые Кислоты Res. 2022. PMID: 36259649 Бесплатная статья ЧВК.

Просмотреть все статьи «Цитируется по»

Рекомендации

1. 1. Коскелла Б., Брокхерст М.А. Коэволюция бактерий и фагов как движущая сила экологических и эволюционных процессов в микробных сообществах. ФЭМС микробиол. ред. 2014 г.; 38:916–931. — ЧВК — пабмед
2. 1. Родригес-Валера Ф., Мартин-Куадрадо А.Б., Родригес-Брито Б., Пашич Л., Тинстад Т.Ф., Ровер Ф., Мира А.. Объяснение геномики микробной популяции через хищничество фагов. Нац. Преподобный Микробиолог. 2009 г.; 7:828–836. — пабмед
3. 1. Чен Дж., Новик Р.П. Фаг-опосредованный межродовой перенос генов токсинов. Наука. 2009 г.; 323:139–141. — пабмед
4. 1. Филлол-Салом А., Мигель-Ромеро Л., Марина А., Чен Дж., Пенадес Дж. Р.. Помимо защиты CRISPR-Cas: системы врожденного иммунитета, кодируемые PICI, защищают бактерии от хищничества бактериофагов. Курс. мнение микробиол. 2020; 56:52–58. — пабмед
5. 1. Тормо-Мас М. А., Мир И., Шреста А., Таллент С.М., Кампой С., Ласа И., Барбе Дж., Новик Р.П., Кристи Г.Е., Пенадес Дж.Р. Белки бактериофага, работающие по совместительству, подавляют стафилококковые островки патогенности. Природа. 2010 г.; 465: 779–782. — ЧВК — пабмед

Типы публикаций

термины MeSH

вещества

Грантовая поддержка

• R01 AI127652/AI/NIAID NIH HHS/США
• R01 AI153303/AI/NIAID NIH HHS/США

Профаги опосредуют защиту от фаговой инфекции с помощью различных механизмов

. 2016 Декабрь; 10 (12): 2854-2866.

doi: 10.1038/ismej.2016.79. Epub 2016 3 июня.

Джозеф Бонди-Деноми ¹ , Джейсон Цянь ¹ , Эдзе Р Вестра ² , Ангус Баклинг ² , Дэвид С. Гуттман ^{3 4} , Алан Р. Дэвидсон ^{1 5} , Карен Л. Максвелл ⁶

Принадлежности

• ¹ Факультет молекулярной генетики, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.
• ² Институт окружающей среды и устойчивого развития, биологические науки, Эксетерский университет, Пенрин, Великобритания.
• ³ Центр анализа эволюции и функций генома, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.
• ⁴ Кафедра клеточной и системной биологии, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.
• ⁵ Факультет биохимии, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.
• ⁶ Центр клеточных и биомолекулярных исследований Доннелли, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.

• PMID: 27258950
• PMCID: PMC5148200
• DOI: 10. 1038/исмей.2016.79

Бесплатная статья ЧВК

Джозеф Бонди-Деноми и др. ИСМЕ Дж. 2016 9 декабря0003 Бесплатная статья ЧВК

. 2016 Декабрь; 10 (12): 2854-2866.

doi: 10.1038/ismej.2016.79. Epub 2016 3 июня.

Авторы

Джозеф Бонди-Деноми ¹ , Джейсон Цянь ¹ , Эдзе Р Вестра ² , Ангус Баклинг ² , Дэвид С. Гуттман ^{3 4} , Алан Р. Дэвидсон ^{1 5} , Карен Л. Максвелл ⁶

Принадлежности

• ¹ Факультет молекулярной генетики, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.
• ² Институт окружающей среды и устойчивого развития, биологические науки, Эксетерский университет, Пенрин, Великобритания.
• ³ Центр анализа эволюции и функций генома, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.
• ⁴ Кафедра клеточной и системной биологии, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.
• ⁵ Факультет биохимии, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.
• ⁶ Центр клеточных и биомолекулярных исследований Доннелли, Университет Торонто, Торонто, Онтарио, Канада.

• PMID: 27258950
• PMCID: PMC5148200
• DOI: 10. 1038/исмей.2016.79

Абстрактный

Активность бактериофагов представляет серьезную угрозу для выживания бактерий. При заражении умеренный фаг может либо убить клетку-хозяина, либо сохраниться в качестве профага. В этом состоянии бактерии, несущие профаг, подвергаются риску суперинфекции, когда другой фаг вводит свой генетический материал и конкурирует за ресурсы клетки-хозяина. Чтобы избежать этого, многие фаги разработали механизмы, которые изменяют бактерии и делают их устойчивыми к фаговой суперинфекции. Механизмы, лежащие в основе этих фентотипических преобразований, и последствия приспособленности для хозяина плохо изучены, и отсутствуют систематические исследования механизмов исключения суперинфекции. В этом исследовании мы изучили широкий спектр фагов Pseudomonas aeruginosa и обнаружили, что они опосредуют исключение суперинфекции с помощью различных механизмов, некоторые из которых затрагивают пилус типа IV и О-антиген, а другие функционируют внутри клетки. Самым сильным механизмом устойчивости была модификация поверхности, которая, как мы показали, не требует затрат для бактериального хозяина в естественной почвенной среде и в Caenorhabditis. модель инфекции elegans. Это исследование представляет собой первый систематический подход к изучению того, как популяция профагов влияет на устойчивость к фагам и поведение бактерий у P. aeruginosa.

Цифры

Рисунок 1

Фагочувствительные профили штаммов…

Рисунок 1

Профили фагочувствительности штаммов в коллекции профагов PA14. PA14 дикого типа, мутант…

Рисунок 1

Профили фагочувствительности штаммов в коллекции профагов PA14. PA14 дикого типа, мутантные штаммы, лишенные О-антигена ( wbpL ) или pilus (pilA ), а PA14, лизогенизированный 30 различными фагами (ось x), инфицировали группой из 30 фагов (ось y). Исход заражения показан цветовой шкалой в легенде. Двойные (2x, MP29 и JBD44a) и тройные (3x, MP29, JBD44a и JBD24) лизогены были приготовлены для оценки аддитивности устойчивости. Группы фагов вдоль оси y представляют семейства гомоиммунных репрессоров, а резистентность, опосредованная репрессорами, показана темно-синим цветом. Секвенированные геномы фагов выделены красным цветом.

Рисунок 2

Анализ образования фаговых бляшек. Восемь…

Рисунок 2

Анализ образования фаговых бляшек. Были применены восемь различных фаговых лизатов в 10-кратной серии…

фигура 2

Анализ образования фаговых бляшек. Восемь различных фаговых лизатов наносили в 10-кратных серийных разведениях на газоны с PA14 дикого типа или указанными лизогенами PA14 и оценивали образование бляшек. Показана группа устойчивости, к которой принадлежит данный лизоген (см. рисунок 1). См. Дополнительную фигуру S5 для получения дополнительных анализов налета.

Рисунок 3

Выравнивание геномов фагов…

Рисунок 3

Выравнивание геномов фагов подчеркивает наличие очень изменчивой принадлежности…

Рисунок 3

Выравнивание геномов фагов подчеркивает наличие очень изменчивого дополнительного генома. Каждый прямоугольник представляет собой одну открытую рамку считывания, где серые прямоугольники обозначают консервативные гены, а цветные прямоугольники обозначают неконсервативные «дополнительные гены». Различные вертикальные положения и цвета дополнительных генов указывают на то, что они кодируют белки из разных семейств последовательностей. Ранее охарактеризованный ген Tip является дополнительным геном 1. См. Дополнительную таблицу 3 для получения более подробной информации о консервативных функциях генов.

Рисунок 4

( и ) PA14 или…

Рисунок 4

( a ) Лизоген PA14 или PA14(JBD26) был инфицирован фагом JBD26,…

Рисунок 4

( a ) лизоген PA14 или PA14(JBD26) был инфицирован фагом JBD26, JBD88a или JBD93 или ( b ) лизогены PA14 или PA14 JBD23 или JBD30 инфицировали фагом JBD88a (в момент времени 0) и измеряли отток K ⁺ с течением времени. Мутант PA14▵ pilA также был инфицирован JBD88a в качестве отрицательного контроля. Отток представлен в виде процента от общего оттока K ⁺ , обнаруженного при заражении PA14 дикого типа данным фагом (см. Материалы и методы).

Рисунок 5

Профаги, дающие сильный фаг…

Рисунок 5

Профаги, которые придают сильную устойчивость к фагам, часто изменяют функцию T4P. ( и )…

Рисунок 5

Профаги, которые придают сильную устойчивость к фагам, часто изменяют функцию T4P. ( a ) Диаметр зон судорожной подвижности для указанных лизогенов PA14 показан в процентах относительно PA14 дикого типа. Показано среднее значение трех повторных экспериментов, а планки погрешностей обозначают стандартные отклонения. ( b ) Репрезентативные изображения подергивающихся зон подвижности для лизогенов PA14, визуализированные кристаллическим фиолетовым.

Рисунок 6

Лизоген JBD26 модифицирует пилус…

Рисунок 6

Лизоген JBD26 изменяет функцию ворсинок без заметных эволюционных затрат. ( а…

Рисунок 6

Лизоген JBD26 модифицирует функцию пилуса без заметных эволюционных затрат. ( a ) PA14, PA14(JBD26) или мутант pilA конкурировали с меченым lacZ штаммом PA14 в минимальной среде в автоклавированном компосте. Относительную численность каждого штамма подсчитывали после 1 недели инкубации. Столбики погрешностей показывают 95% доверительный интервал. ( b ) 80–100 C. elegans нематод высевали на газоны E. coli OP50, PA14 или PA14 (JBD26) дикого типа, а также живых и мертвых червей оценивали в течение 130 часов.

См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC

Похожие статьи

• Капсидные белки нитевидных профагов способствуют исключению суперинфекции и защите фагов от Pseudomonas aeruginosa.

  Ван В, Ли И, Тан К, Линь Дж, Гао С, Го И, Ван С. Ван В и др. Окружающая среда микробиол. 2022 сен;24(9)):4285-4298. дои: 10.1111/1462-2920.15991. Epub 2022 11 апр. Окружающая среда микробиол. 2022. PMID: 35384225

• Фаговые мороны играют важную роль в фенотипах Pseudomonas aeruginosa.

  Цао Ю.Ф., Тейлор В.Л., Кала С., Бонди-Деноми Дж., Хан А.Н., Бона Д., Каттуар В., Лори С., Дэвидсон А.Р., Максвелл К.Л. Цао Ю. Ф. и соавт. J Бактериол. 2018 23 октября; 200(22):e00189-18. дои: 10.1128/JB.00189-18. Печать 2018 15 ноября. J Бактериол. 2018. PMID: 30150232 Бесплатная статья ЧВК.

• Белок нитчатого бактериофага ингибирует пили типа IV, чтобы предотвратить суперинфекцию Pseudomonas aeruginosa.

  Шмидт А.К., Фитцпатрик А.Д., Шварцкопф К.М., Фейт Д.Р., Дженнингс Л.К., Колуччио А., Хант Д.Дж., Майклс Л.А., Харгил А., Чен К., Боллики П.Л., Дорвард Д.В., Вахтер Дж., Роза П.А., Максвелл К.Л., Секор П.Р. Шмидт А. К. и соавт. мБио. 2022 22 февраля; 13 (1): e0244121. doi: 10.1128/mbio.02441-21. Epub 2022 18 января. мБио. 2022. PMID: 35038902 Бесплатная статья ЧВК.

• Перекрестная регуляция между бактериями и фагами на посттранскрипционном уровне.

  Алтувиа С., Шторц Г., Папенфорт К. Алтувия С. и др. Микробиологический спектр. 2018 г., июль; 6(4):10.1128/microbiolspec.RWR-0027-2018. doi: 10.1128/microbiolspec.RWR-0027-2018. Микробиологический спектр. 2018. PMID: 30006994 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

• Сообщество фагов кишечника человека и его значение для здоровья и болезней.

  Манрике П., Диллс М., Янг М.Дж. Манрике П. и др. Вирусы. 2017 8 июня; 9 (6): 141. дои: 10.3390/v41. Вирусы. 2017. PMID: 28594392 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

Посмотреть все похожие статьи

Цитируется

• Бенз[а]пиреновый стресс влияет на адаптивные стратегии и экологические функции кишечных виромов дождевых червей.

  Xia R, Sun M, Balcázar JL, Yu P, Hu F, Alvarez PJJ. Ся Р. и др. ISME J. 17 апреля 2023 г. doi: 10.1038/s41396-023-01408-x. Онлайн перед печатью. ИСМЕ Дж. 2023. PMID: 37069233

• Мутационно-индуцированные инфекции фаговых плазмид.

  Шан Х, Сабо Р.Э., Кордеро ОКС. Шан X и др. Нац коммун. 2023 12 апреля; 14 (1): 2049. doi: 10.1038/s41467-023-37512-x. Нац коммун. 2023. PMID: 37041135 Бесплатная статья ЧВК.

• Умеренные бактериофаги, заражающие разрушающую муцин бактерию Ruminococcus gnavus из кишечника человека.

  Буттимер С., Хохлова Е.В., Штейн Л., Хьюстон С.М., Гови Б., Дрейпер Л.А., Росс Р.П., Шкопоров А.Н., Хилл С. Баттимер С. и др. Кишечные микробы. 2023 янв-декабрь;15(1):2194794. doi: 10.1080/194.2023.2194794. Кишечные микробы. 2023. PMID: 36994608 Бесплатная статья ЧВК.

• Высококонсервативная и широко распространенная криптическая плазмида является одним из самых многочисленных мобильных генетических элементов в кишечнике человека.

  Фогарти Э.К., Шехтер М.С., Лоланс К., Шихан М.Л., Весели И., Мур Р., Кифл Э., Муди Т., Райс П.А., Ю М.К., Мими М., Чанг Э.Б., Маклеллан С.Л., Уиллис А.Д., Комсток Л.Е., Эрен А.М. Фогарти ЕС и соавт. bioRxiv. 2023 март 25:2023.03.25.534219. дои: 10.1101/2023.03.25.534219. Препринт. bioRxiv. 2023. PMID: 36993556 Бесплатная статья ЧВК.

• Конкуренция между лизогенными и чувствительными бактериями определяется затратами на приспособляемость различных возникающих стратегий устойчивости к фагам.