Lada Xray технические характеристики
Эксплуатационные характеристики Лада Икс Рей
Максимальная скорость: 176 км/ч
Время разгона до 100 км/ч: 11.4 c
Расход топлива на 100км по городу: 9.3 л
Расход топлива на 100км по трассе: 5.9 л
Расход топлива на 100км в смешанном цикле: 7.2 л
Объем бензобака: 50 л
Снаряженная масса автомобиля: 1190 кг
Допустимая полная масса: 1650 кг
Размер шин: 195/65 R15, 205/55 R16, 205/50 R17
Характеристики двигателя
Тип двигателя: бензиновый
Расположение: спереди, поперечно
Объем двигателя: 1596 см3
Мощность: 106 л.с.
Количество оборотов: 5800
Крутящий момент: 148/4200 н*м
Система питания:
Турбонаддув: нет
Расположение цилиндров: Рядный
Количество цилиндров: 4
Диаметр цилиндра: 82 мм
Ход поршня: 75.
6 ммСтепень сжатия: 10.5
Количество клапанов на цилиндр: 4
Рекомендуемое топливо: АИ-95
Модификации двигателя
| Комплектация | Двигатель | Коробка | Привод |
| Optima | 1.6 106 л.c. бензин | механика | передний |
| Optima Advanced | 1.6 106 л.c. бензин | механика | передний |
| Optima Advanced | 1.8 122 л.c. бензин | механика | передний |
| Optima Advanced | 1.8 122 л.c. бензин | робот | передний |
| Luxe | 1.6 106 л.c. бензин | механика | передний |
| Luxe | 1. 8 122 л.c. бензин |
механика | передний |
| Luxe | 1.8 122 л.c. бензин | робот | передний |
| Top | 1.6 106 л.c. бензин | механика | передний |
| Luxe Prestige | 1.8 122 л.c. бензин | механика | передний |
| Luxe Prestige | 1.8 122 л.c. бензин | робот | передний |
| Top Юбилейная | 1.6 110 л.c. бензин | передний | |
| Top Юбилейная | 1.8 122 л.c. бензин | робот | передний |
Тормозная система
Передние тормоза: Дисковые вентилируемые
Задние тормоза: Барабанные
АБС: есть
Рулевое управление
Тип рулевого управления: Шестерня-рейка
Усилитель руля: есть
Трансмиссия
Привод: Передний
Количество передач: механическая коробка — 5, робот — 5
Подвеска
Передняя подвеска: независимая, пружинная
Задняя подвеска: полунезависимая, пружинная
Кузов
Тип кузова: хэтчбек
Количество дверей: 5
Количество мест: 5
Длина машины:
Ширина машины: 1764 мм
Высота машины: 1570 мм
Колесная база: 2592 мм
Колея передняя: 1484 мм
Колея задняя: 1524 мм
Дорожный просвет (клиренс): 195 мм
Объем багажника: 361 — 1207 л
Производство
Год выпуска: с 2015
Лада Икс Рэй Кросс: цена Лада Икс Рэй Кросс, технические характеристики Лада Икс Рэй Кросс, фото, отзывы, видео
Лада Икс Рэй Кросс: цена Лада Икс Рэй Кросс, технические характеристики Лада Икс Рэй Кросс, фото, отзывы, видео — Avto-Russia.
ru- Главная
- Каталог авто
- ВАЗ
- Лада Икс Рэй Кросс
Поиск по каталогу
Тип кузова: Любой Седан Хэтчбек Лифтбек Универсал Кроссовер Внедорожник Компактвэн Минивэн Купе Кабриолет Родстер Пикап Фургон Автобус Микроавтобус Грузовик Самосвал Шасси ТягачДиапазон цен: Любой от 600 000 до 700 000 руб от 700 000 до 800 000 руб от 800 000 до 900 000 руб от 900 000 до 1 000 000 руб до 1 000 000 руб от 1 250 000 до 1 500 000 руб от 1 250 000 до 1 500 000 руб от 1 500 000 до 1 750 000 руб от 1 750 000 до 2 000 000 руб до 2 000 000 руб от 2 000 000 до 2 500 000 руб от 2 500 000 до 3 000 000 руб от 3 000 000 до 3 500 000 руб от 3 500 000 до 4 000 000 руб от 4 000 000 до 4 500 000 руб от 4 500 000 до 5 000 000 руб свыше 5 000 000 рубДлина: Любая До 3 метров 3 — 3,5 метра 3,5 — 4 метра 4 — 4,5 метра 4,5 — 5 метров 5 — 5,5 метра 5,5 — 6 метров Свыше 6 метровШирина
От официальных дилеров
Модели 2023 года
Поиск Все марки
Лада Икс Рэй Кросс — фото 1
Лада Икс Рэй Кросс — фото 2
Лада Икс Рэй Кросс — фото 3
Лада Икс Рэй Кросс — фото 4
Лада Икс Рэй Кросс — фото 5
Назад Вперед
- Обзор
- Модификации
- Одноклассники
- Отзывы
- Обои
- Продажа
Технические характеристики Лада Икс Рэй Кросс
Цена | 1 249 900 — 1 621 900 ₽ |
Мин. | 1 249 900 ₽ |
Макс. цена | 1 621 900 ₽ |
| Модельный год | 2018 |
| Тип кузова | Кроссовер |
| Длина, мм | 4171 |
| Ширина, мм | 1810 |
| Высота, мм | 1645 |
| Количество дверей | 5 |
| Количество мест | 5 |
| Объем багажника, л | 361-1207 |
| Экологич. класс | ЕВРО 5 |
| Гарантия | 3 года или 100 000 км |
| Страна сборки | Россия |
ценаМодификации Лада Икс Рэй Кросс
Лада Икс Рэй Кросс 1.6 МT
Цена | 1 249 900 ₽ |
| Максимальная скорость, км/ч | 165 |
| Время разгона до 100 км/ч, сек | 13. 5 |
| Двигатель | Бензиновый |
| Рабочий объем, см3 | 1596 |
| Мощность, л.с. / оборотах | 106/5800 |
| Момент, Н·м / оборотах | 148/4200 |
| Расход комби, л на 100 км | 7.4 |
| Тип коробки передач | Механика, 5 передач |
| Привод | Передний |
| Показать все характеристики | |
Лада Икс Рэй Кросс 1.6 CVT
Цена | 1 441 900 ₽ |
| Максимальная скорость, км/ч | 162 |
| Время разгона до 100 км/ч, сек | 12.8 |
| Двигатель | Бензиновый |
| Рабочий объем, см3 | 1598 |
Мощность, л. с. / оборотах | 113/5500 |
| Момент, Н·м / оборотах | 152/4000 |
| Расход комби, л на 100 км | 7.3 |
| Тип коробки передач | Механика, 5 передач |
| Привод | Передний |
| Показать все характеристики | |
Одноклассники Лада Икс Рэй Кросс по цене
УАЗ Патриот
УАЗ Патриот
УАЗ Патриот
УАЗ Патриот
От 1 076 000 ₽
До 1 935 000 ₽
Внедорожник
Россия
Год: 2016
Отзывы владельцев Лада Икс Рэй Кросс
Лада Икс Рэй Кросс, 2018 г
Из плюсов: обогрев лобового, круиз, дисковые тормоза, климат пусть и однозонный, дорожный просвет, мощный двигатель 122 л.с., датчик дождя, датчик света. Подкрылки с шумоизоляцией на Лада Икс Рэй Кросс приятно удивили.
Подогрев задних сидений. Приемлемая для класса эргономика, шумоизоляция. Прилично все смотрится под капотом, аккуратно и правильно. Крутые 17-е колеса. Дизайн вызывает интерес, пока ставили на учёт, вокруг Лада Икс Рэй Кросс всегда прогуливались люди, ненароком заглядывая в салон. К сборке автомобиля вопросов нет, зазоры кузовных элементов ровные, в салоне ничего не скрипит.
Не понравилось: плохая курсовая устойчивость связанная видимо с тем, что ширина передней колеи 1503, а задней 1546, будем лечить установкой проставок на переднюю ось. Недостаточная жесткость рулевой колонки. Короткая первая передача, наверное, хороша в условиях бездорожья, но для города не очень. При этом ещё и большой разрыв со второй, с неё даже с наката плохо трогаться. В принципе и 6-я передача не помешала бы. Убогая приборка, маршрутный компьютер интуитивно не понятный, пришлось читать инструкцию. Через неделю из под колпачков центральных отверстий литых дисков появились ржавые разводы. Комбинированная обивка передних сидений Лада Икс Рэй Кросс вызывает вопросы по дизайну.
Достоинства: в отзыве.
Недостатки: в отзыве.
Дмитрий, Новосибирск
Лада Икс Рэй Кросс, 2018 г
На мой взгляд, Лада Икс Рэй Кросс — очень хорошее предложение за эти деньги. Красивый внешний вид (на улице обращают внимание), высокий клиренс, шумоизоляция (в большинстве авто её вообще нет), хорошая подвеска, хорошо идёт по просёлочным дорогам, оцинкованный кузов. Минусов у Лада Икс Рэй Кросс пока не обнаружил.
Достоинства: отличный вариант автомобиля за эти деньги.
Недостатки: пока не обнаружил
Алексей, Сузун
Лада Икс Рэй Кросс, 2018 г
Прошло 6 дней с момента покупки Лада Икс Рэй Кросс и пришло время рассказать о первом впечатлении. Как сказал известный дядя: «хорошая машина это новая машина». Машина то, что надо для города и пригорода. Дорогу Лада Икс Рэй Кросс держит супер особенно на кольцевой колее (петербуржцы знают, о чем я).
Несмотря что все говорят: «большой радиус цепляет колею чаще», пока такого не сильно замечаю, на мой взгляд, наоборот. Машина держит прямую супер, руль не болтает по малейшему дерганью. Парковка с нынешним убиранием снега во дворах, не занимает хлопот, перевел шайбу в снег и паркуешься как тебе хочется. Расход пока 9.5 смешанный, залил 95 Газпром обычного. Так еще и не докатал. Рекомендация — 92 Роснефть. Масло залито с салона полусинтетика Роснефть. На 3000 км поменяю на синтетику. Освещенность машины хорошая, дорогу видно четко, даже на мокром асфальте в темное время суток. Места в салоне Лада Икс Рэй Кросс достаточно. Сажусь я за руль 188 см рост, сзади детское кресло, ребенок упирается ногами в сиденье, но без дискомфорта. Конечно, багажник небольшой. Но самое главное — коляска влезает полностью и остается еще место под 2 сумки. Плюс в нижнем ярусе возится всякая мелочевка. Пара забавных нюансов. В момент, когда заводишь машину на холостую, слышен звук «гремящих кастрюль». Гудок похож, на гудок от велосипеда Аист.
Достоинства: то, что надо для города и пригорода.
Недостатки: маленький багажник.
Сергей, Санкт-Петербург
Лада Икс Рэй Кросс, 2019 г
Делюсь так сказать своими первыми, нормально обдуманными впечатлениями. На данный момент, минусов у Лада Икс Рэй Кросс не заметил. Машина как мне показалось, идёт достаточно мягко, стоять в пробках на ней, не смотря на то, что это механика, не критично. В обычном режиме ESC, педаль газа не слишком отзывчивая, но когда включаешь режим Sport, такое ощущение, что у машины открывается, второе дыхание, и педаль газа становится гораздо отзывчивее. Управление точное, без сильного люфта, в обзорах, которые смотрел, блогеры жаловались, что рулевая колонка Лада Икс Рэй Кросс ходит ходуном. На своей машине, такого не заметили. Подвеска мне понравилась, упругая, езда по лежачим полицейским, и ямкам, особо дискомфорта не доставляет, но возможно, что тут ещё огромную роль играют шины 17 радиуса.
Достоинства: мягкая подвеска. Дорожный просвет. Системы безопасности.
Недостатки: не заметил.
Сергей, Нижний Новгород
Лада Икс Рэй Кросс, 2019 г
Хочу поделиться своими наблюдениями. Мой бывший автомобиль Рено Сандеро Степвей 2 в комплектации Comfort. Всё, что я напишу — это моё личное восприятие. Каждый автомобиль по-своему хорош. Экстерьер не сравниваю. Итак: посадка в XRAY Cross для меня удобнее за счёт кресла и регулировок руля. Ход педали сцепления короче, чем на моём бывшем авто. Управление острое и лёгкое — пока привыкаю. На Степвее более размашистое. Подвеска по собраннее, хотя нареканий к Степвею не было. Интерьер у Лада Икс Рэй Кросс, по моему мнению, более дружественный и уровень повыше. Шумоизоляция и там, и там меня вполне устраивает. Видеокамера заднего хода у XRAY Cross загрязняется гораздо быстрее и больше, чем на Степвее (устанавливал сам в фонарь подсветки номерного знака). Обзорность с водительского места на XRAY Cross для меня ещё не совсем привычна.
Комплектации этих двух автомобилей не сравниваю. Кто бы что ни говорил, а нынешние авто от ВАЗа достойны уважения. Я вообще был в культурном шоке (в хорошем смысле слова), когда первый раз «материально увидел» Vesta SW Cross, а про XRAY Cross и говорить нечего — одни эмоции.
Достоинства: удобная посадка. Клиренс. Управление. Неплохая шумоизоляция.
Недостатки: пока еще рано что-либо говорить.
Александр, Балтийск
Обои рабочего стола Лада Икс Рэй Кросс
Обои Лада Икс Рэй Кросс
Объявления о продаже Лада Икс Рэй Кросс
Объявления о продаже новых автомобилей
Объявления о продаже подержанных автомобилей
- Обзор
- Модификации
- Одноклассники
- Отзывы
- Обои
- Продажа
Лада Икс Рэй Кросс — обзор автомобиля
Lada XRAY Cross / Лада Икс Рэй Кросс
Свою новую модель Lada XRAY Cross компания АвтоВАЗ представила в рамках Международного Московского автошоу в августе 2018 года.
Версия Cross представляет собой вседорожное исполнение классического хэтчбека XRAY, который вышел на наш рынок еще в феврале 2016 года. Отличительная внешняя особенность Lada XRAY Cross — защитный пластиковый обвес, обволакивающий нижнюю часть кузова по всему периметру. Габаритами приподнятый хэтчбек получился слегка крупнее базовой модели — колесная база у версии Cross осталась прежней (2592 мм), но по длине прибавка составила 6 мм (4171 мм против 4165 мм), по ширине + 46 мм (1764 мм и 1810 мм), а высота выросла на 75 мм (1570 мм и 1645 мм). Клиренс у Lada XRAY Cross получился ожидаемо больше, чем у своего соплатформенника и составляет 215 мм (против 195 мм) — с такой цифрой кросс-хэтчбек превосходит большинство кроссоверов, представленных на российском рынке.
Для большего комфорта в салоне Lada XRAY Cross пересмотрена конструкция передних сидений, кроме того, на 25 мм увеличилось пространство для ног задних пассажиров. Список бортового оснащения включает в себя подогрев кресел первого и второго ряда, обогреваемое лобовое стекло, климатическую систему, мультимедийный тачскрин с навигацией, камеру обзора сзади, фары с функцией подсветки поворотов, круиз-контроль.
Еще одной важной особенностью Lada XRAY Cross является система выбора режимов езды Lada Ride Select, с помощью которой можно настроить оптимальное поведение автомобиля в различных условиях. Переключение режимов осуществляется с помощью удобного контроллера, вынесенного на центральную консоль. Для Lada XRAY Cross предусмотрен единственный 1.8-литровый двигатель на 122 силы, сочетающийся с 5-скоростной механикой или роботизированной коробкой с таким же количеством передач.
Lada XRAY Cross предлагается покупателям в трех вариантах оснащения: Classic, Comfort и Luxe. В самой доступной версии Classic кроссовер получил ходовые огни LED, легкую тонировку стекол, легкосплавные диски R17, передние электрические подъемники стекол, регулируемую в 2-х плоскостях рулевую колонку, аудиоподготовку, 2 «эйрбега», контроль устойчивости и ассистент помощи при езде на подъеме. С помощью дополнительного пакета опций базовый «Икс Рей Кросс» можно доукомплектовать кондиционером, мультифункциональным рулем и аудиосистемой (USB, Bluetooth).
Во второй версии Lada XRAY Cross Comfort можно рассчитывать на 5-режимную систему езды Lada Drive Select, противотуманные фонари, систему кондиционирования, мультируль, многофункциональный аудиокомплекс, подогреваемые передние кресла, все электростеклоподъемники, обогреваемые боковые зеркала. Топовое исполнение Luxe располагает усиленной тонировкой задних стекол, LED-подсветкой интерьера, мультимедийной системой с 7-дюймовым цветным дисплеем и функцией навигации.
- Обзор
- Модификации
- Одноклассники
- Отзывы
- Обои
- Продажа
Все модели Lada
Сообщить об ошибке
Резонансная передача энергии флуоресценции — Химия LibreTexts
- Последнее обновление
- Сохранить как PDF
- Идентификатор страницы
- 2012
Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) — это специальный метод измерения расстояния между двумя хромофорами, называемыми донорно-акцепторной парой.
Ограничение FRET состоит в том, что этот процесс переноса эффективен только тогда, когда разделяющее расстояние пары донор-акцептор меньше 10 нанометров. Однако FRET — это явление, сильно зависящее от расстояния, и поэтому оно стало популярным инструментом для измерения динамической активности биологических молекул в наномасштабе.
Введение
FRET — это аббревиатура от Förster (флуоресцентная) резонансная передача энергии. Перенос энергии Фёрстера — это явление, при котором возбужденный донор передает энергию (не электрон) группе акцептора посредством безызлучательного процесса. Этот процесс сильно зависит от расстояния, что позволяет исследовать биологические структуры. Одним из распространенных применений является простое измерение расстояния между двумя интересующими позициями на большой молекуле, обычно биологической макромолекуле, путем присоединения соответствующих донорно-акцепторных групп к большой молекуле. Если большая молекула включает только одну донорную и одну акцепторную группу, расстояние между донором и акцептором можно легко измерить, если в этом процессе не происходит конформационного изменения.
Кроме того, если молекула имеет огромное конформационное изменение, можно также измерить динамическую активность между двумя участками этой макромолекулы, например, белковые взаимодействия. Сегодня этот метод широко применяется во многих областях, таких как эксперименты с одиночными молекулами, молекулярные моторы, биосенсоры и механические движения ДНК. FRET также называют «спектроскопической линейкой» из-за его внутреннего удобства.
Теоретический анализ был хорошо разработан Теодором Фёрстером. Этот безызлучательный механизм переноса схематично показан на рисунке \(\PageIndex{1}\). Донорная группа (D) возбуждается фотоном, а затем релаксирует в низшее возбужденное синглетное состояние S 1 (по правилу Каши). Если акцепторная группа не слишком далеко, энергия, высвобождаемая при возвращении электрона в основное состояние (S 0 ), может одновременно возбудить донорную группу. Этот безызлучательный процесс называется «резонансом». После возбуждения возбужденный акцептор испускает фотон и возвращается в основное состояние, если других гасящих состояний не существует.
Резонансный механизм связан с кулоновским взаимодействием между электронами. Таким образом, относительное расстояние кулоновского взаимодействия между донорно-акцепторной парой может быть больше, чем передача энергии электронного обмена, которая требует перекрытия волновых функций, а именно передача энергии Декстера. Кулоновское взаимодействие нуждается только в перекрытии спектра, что означает идентичность энергии резонанса. Рисунок \(\PageIndex{2}\) здесь должен дать представление о механизме резонанса. (Обратите внимание, что щель HOMO-LUMO не равна разнице энергий между основным состоянием и самым низким S 1 возбужденное состояние молекулы.)
Рисунок \(\PageIndex{2}\): Схематическая диаграмма кулоновских взаимодействий. (CC BY; LibreTexts)Факторы, влияющие на FRET
Эффективность FRET (\(E\)) представляет собой квантовый выход перехода с переносом энергии; т.
е. доля событий переноса энергии, происходящих на одно событие возбуждения донора. Эффективность FRET определяется выражением
\[\ E = \dfrac{k_{ET}}{k_f + k_{ET}+\sum k_i} \label{1}\]
, где \(k_{ET}\ ) — скорость FRET, \(k_f\) — скорость излучательной релаксации (т.е. флуоресценции), а \(k_i\) — скорости безызлучательной релаксации (например, внутренняя конверсия, межсистемная конверсия, внешняя конверсия и т. д.) . В точечном диполь-дипольном приближении эффективность FRET может быть связана с расстоянием донор-акцептор через 96} \label{2}\]
где \(r\) — расстояние между донорными и акцепторными хромофорами, а \(R_o\) — характерное расстояние (расстояние Ферстера или радиус Ферстера) с эффективностью переноса 50%.
Перекрытие спектра
Для повышения эффективности FRET группа доноров должна иметь хорошие способности поглощать фотоны и излучать фотоны. Это означает, что донорная группа должна иметь высокий коэффициент экстинкции и высокий квантовый выход.
2\) теоретически может принимать значения от 0 (когда диполи перпендикулярны друг другу) до 4 (когда диполи коллинеарны). 9{-4} \label{4}\]
| Донор | Акцептор | Расстояние Ферстера (\(R_0\), нм) |
|---|---|---|
| Нафталин | Дансил | 2,2 |
| ЛЯ | ТНП-АТП | 3,5 |
| Дансил | ОДР | 4,3 |
| ЛЯ | ЭМ | 5,3 |
| ФИТЦ | ЭМ | 6,0 |
| БПЭ | CY5 | 7,2 |
Заключение и ограничения FRET
FRET обеспечивает эффективный способ измерения расстояния между донорным и акцепторным хромофором.
На эффективность передачи энергии сильно влияет соотношение \(R\) и \(R_0\) из-за показателя степени 6. Таким образом, измеряя эффективность FRET, можно легко получить точное расстояние между донором и акцептором. При правильном выборе донора и акцептора этот эксперимент также можно провести in vivo . Однако FRET дает информацию только о расстояниях. Если происходит резкое конформационное изменение, такое как удлинение или перегиб, он не может знать точное движение донора и акцептора. Кроме того, важно также прикрепление хромофоров к точным участкам макромолекулы, как по количеству хромофоров, так и по положению макромолекулы, иначе FRET может давать шумовые сигналы. (См. вопрос 5)
Упражнение \(\PageIndex{1}\)
Филамент F-актина состоит из мономеров G-актина. Присоединив донорный (D) или акцепторный (A) хромофор к мономеру G-актина и измерив эффективность переноса энергии, можно измерить среднее расстояние между мономерами G-актина в пленке F-актина (при условии, что мономеры хорошо расположены в последовательности ДАДАДАДА.
…), и можно обнаружить, что средняя эффективность передачи энергии составляет 23%. Если \(R_0\) равно 4,5 нм, каково среднее расстояние между мономерами в нити?
- Ответить
5,5 нм.
Упражнение \(\PageIndex{2}\)
На основании вопроса 1, если последовательность нитей состоит из 8 мономеров в порядке D-A-D-A-D-A-D-A, сколько видов эффективности можно обнаружить, если нить не изгибается и \(R_0\) достаточно большой, чтобы увидеть их все?
- Ответить
Будет обнаружено 4 вида эффективности.
Упражнение \(\PageIndex{3}\)
Пара cy3-дорнор и cy5-акцептор прикрепляется к концам последовательности ДНК. Если пренебречь ориентацией переходных диполей донора и акцептора, нарисуйте зависимость между отношением (\(R/R_0\)) и эффективностью передачи энергии.
- Ответить
Пожалуйста, посетите веб-сайт профессора Тэкджип Ха.
netfiles.uiuc.edu/tjha/www/newTechnique.html
netfiles.uiuc.edu/tjha/www/newTechnique.htmlУпражнение \(\PageIndex{4}\)
Используйте пример из вопроса 3, а теперь рассмотрите ориентацию переходных диполей. Пожалуйста, постройте зависимость между разделяющим расстоянием пары донор-акцептор и эффективностью передачи энергии. (Помните, что при удлинении ДНК путем добавления пар оснований ориентация донорных и акцепторных хромофоров изменится) (Вопросы 3 и 4 переработаны из статьи, в которой измерялась ориентационная зависимость в процессе FRET с использованием спирали ДНК.
- Ответить
См. PNAS, 2008 Aug, 105(32), 11176-11181, doi:10.1073/pnas.0801707105
Упражнение \(\PageIndex{5}\)
Одной из самых сложных задач в области ионных каналов является наблюдение за тем, как канал работает in vivo и конформационным изменением канала, встроенного в клеточную мембрану. Если ученый хочет исследовать движение ворот ионного канала с помощью FRET, какие факторы следует учитывать? Например, как правильно прикрепить донора и акцептора к точным положениям ворот канала.
- Ответить
Открытый вопрос. Пожалуйста, обратитесь к этому вводному документу об использовании FRET для исследования движения ионных каналов. Биофизический журнал, январь 2003 г., 84(1), 1-2, doi:10.1016/S0006-3495(03)74827-9
Сноски
- PNAS, 2006 Dec., 103(49), 18458-18463, doi: 10.1073/pnas.0605422103
- PNAS, ноябрь 2008 г., 105(47), 18337-18342, doi: 10.1073/pnas.0800977105
- Nature Biotechnology 2003, 21, 1387-1395, doi:10.1038/nbt896
- PNAS, 2009 Oct., 106(42), 17741-17746, doi: 10.1073/pnas.0
7106
- Природа, 1997 авг., 388, 882-887
- PNAS, 2006 Dec., 103(51) 19217-19218, doi: 10.1073/pnas.0609223103
- PNAS, август 1967 г., 58(2), 719-26. doi:10.1073/pnas.58.2.719
- Analytical Biochemistry, 1994 Apr., 218(1), 1-13, doi:10.1006/abio.1994.1134
- Nature Protocols, 1, 9 августа 2006 г. 11–919, doi:10.1038/nprot.2006.122
- PNAS, август 2008 г., 105(32), 11176-11181, doi:10.1073/pnas.0801707105
- Биофизический журнал, январь 2003 г., 84(1), 1-2, doi:10.1016/S0006-3495(03)74827-9
11–919, doi:10.1038/nprot.2006.122- Наверх
- Была ли эта статья полезной?
- Тип изделия
- Раздел или Страница
- Лицензия
- CC BY-NC-SA
- Версия лицензии
- 4,0
- Теги
- автор@Che-Wei Chang
- Флуоресцентный резонансный перенос энергии
- Расстояние Ферстера
- ЛАД
- Правило Каши
Использование MD в анализе FRET
Использование MD в анализе FRET При анализе данных резонансного переноса энергии (FRET) с обнаружением флуоресценции обычно предполагается, что оба хромофора быстро выбирают все ориентации в масштабе времени, который быстрее, чем перенос энергии.
Однако в некоторых системах (например, связанных с мембраной регуляторных белках) один или оба хромофора могут быть ограничены определенной ориентацией или диапазоном ориентаций. Таким образом, использование
приближение может быть недопустимым. В этих случаях результаты моделирования молекулярной динамики (МД), взятые вместе с данными о времени жизни флуоресценции, могут дать больше информации, чем только расчеты или эксперименты. Мы представляем результаты моделирования MD, которые показывают, что движение флуорофора значительно ограничивается конъюгацией с белком (в данном случае лизоцимом). Кроме того, поскольку интересующие нас хромофоры содержат биологически нетипичные гетероатомы, такие как бром или ароматический кислород, также представлено уточнение необходимых параметров МД.
- Введение
- Резонансная передача энергии
- Молекулярная динамика как предиктор k
- Методы и результаты
- Белок: лизоцим
- Краситель: эозин
- Краситель: DACM
- Параметризация: C — Br Облигации
- Параметризация: ароматический кислород
- Оптимизированные параметры ОА
- Молекулярная динамика
- Результаты: Фактор ориентации
- Результаты: скорость передачи
- Выводы и обсуждение
- Благодарности
В настоящее время широко используются различные методы, позволяющие выяснить структуру белка, включая рентгеновскую кристаллографию, ЯМР и флуоресценцию.
В то время как методы флуоресценции легче применять к сложным системам, таким как трансмембранные белки, полезность таких методов может быть ограничена несколькими допущениями, обычно используемыми для того, чтобы сделать анализ приемлемым. Например, использование методов резонансной передачи энергии с обнаружением флуоресценции (FRET) в качестве структурных зондов может быть ограничено предположениями относительно свободы движения хромофоров. Моделирование молекулярной динамики (МД) можно использовать для моделирования движения таких систем; объединение экспериментальных данных с моделированием методом МД может дать больше информации, чем можно получить с помощью любого из методов по отдельности.
Скорость резонансного переноса энергии между хромофорами является широко используемым индикатором структуры белка. Поскольку все остальные процессы распада фотовозбужденного донорного хромофора должны быть сходными в отсутствие и в присутствии акцепторного хромофора, разницу во времени жизни флуоресценции можно объяснить резонансным переносом энергии.
Скорость резонансной передачи энергии, в свою очередь, является мерой расстояния между хромофорами и их относительной ориентацией, как указано в уравнении Фёрстера:
В приведенном выше уравнении — скорость переноса энергии, — расстояние между хромофорами, — расстояние между хромофорами, при котором перенос энергии эффективен на 50%, — скорость переноса, когда , и — член, зависящий от относительной ориентации переходных дипольных моментов хромофоров. Параметры и проиллюстрированы на рисунке ниже. Передача замедляется с увеличением расстояния и по мере того, как диполи стремятся к ортогональной ориентации.
и
термины обычно рассматриваются как средние значения по временным рамкам флуоресценции. Для систем, в которых оба хромофора могут свободно принимать все относительные ориентации в пределах временных рамок флуоресценции,
. Для систем, в которых движение ограничено, таких как биомолекулярные системы, это приближение имеет неопределенную достоверность.
Такие ограничения, вероятно, присутствуют во многих представляющих интерес биологических системах, т.е. трансмембранные сигнальные белки.
Моделирование молекулярной динамики (МД) можно использовать для моделирования движения интересующей системы и расчета , и поэтому . Молекулярная динамика моделирует движение больших многоатомных систем, используя законы классической механики. Это движение управляется силовым полем, комбинацией функции потенциальной энергии и параметров на атом, необходимых для точного моделирования системы. Ниже показано силовое поле AMBER, использованное в наших МД-симуляциях. Он включает в себя потенциалы гармонического растяжения связи и изгиба под углом, двугранную силу, член взаимодействия Ван-дер-Ваальса 6-12 и кулоновский электростатический член.
Скорость, измеренную в экспериментах по времени жизни флуоресценции, можно сравнить с полученной при моделировании МД на нескольких системах, чтобы помочь в определении неизвестных макромолекулярных структур, особенно гомоолигимерных систем с известной структурой мономера, но неизвестной структурой олигомера.
Мы разрабатываем этот метод, используя тест-систему из небольшого белка и двух красителей.
Лизоцим представляет собой небольшой (<200 остатков) белок, легко доступный из куриных яиц или бактериальных колоний. Кроме того, он прочно и предсказуемо связывает краситель эозин. Ниже представлен лизоцим белка куриного яйца. Мы производим этот белок посредством экспрессии бактериями E. coli.
Эозин, справа, представляет собой анионный краситель, который связывается с гидрофобным карманом лизоцима, иммобилизуя краситель. Эозин представляет собой проблему для систем МД, поскольку он содержит две особенности, обычно не встречающиеся в биологических системах. Во-первых, эозин содержит ковалентно связанный бром; силовое поле AMBER обычно использует только бром в качестве противоиона. Во-вторых, ксантеновое сплавленное тройное кольцо полностью ароматично, но содержит кислород (см. резонансную структуру ниже). Этот ароматический кислород не существует в широко используемых и хорошо зарекомендовавших себя 1994 ЯНТАРЬ силовое поле.
И бром, и ароматический кислород должны быть настроены для использования в системе AMBER.
Наш второй хромофор — DACM (ниже), производное кумарина, содержащее ароматический кислородный гетероцикл, аналогичный найденному в эозине. Этот краситель реагирует с сульфгидрильными группами с образованием тиоэфирного мостика. Используя это поведение, мы присоединим краситель к остатку цистеина в лизоциме. Мутированная плазмида, содержащая только один кодон цистеина (помимо тех цистеинов, которые уже участвуют в дисульфидных мостиках), будет использоваться для экспрессии лизоцима на этом этапе.
Связи ароматического углерода (CA) и брома были параметризованы с использованием квантово-механического (QM) метода. Длину связи CA-Br и угол связи CA-Br-CA регулировали, а энергию системы рассчитывали с использованием модельной химии MP2/cc-pVTZ. Затем параболы были подогнаны к полученным кривым зависимости энергии от смещения, как показано ниже. Полученные положения равновесия и силовые константы для растяжения связи и угла были очень похожи на результаты, опубликованные Ширером и Крамером (J.
Phys. Chem. B, 2002, 106, 5075 — 5085), и поэтому моделирование продолжалось с использованием этих ранее опубликованных параметров. .
Ароматический кислородный гетероцикл, присутствующий в эозине и DACM, представлял большую проблему. Не было простого способа отделить вклад ароматического кислорода (OA) и ароматического углерода (CA) в растяжение связи и изгибание угла в квантово-механическом моделировании поверхности энергии. Таким образом, был использован альтернативный метод. Флуоресцеин (справа) использовался в качестве модельного красителя; он содержит черты эозина без богатых электронами бромных заместителей, которые значительно замедляют расчеты QM.
Был выполнен квантово-механический расчет нормальных колебательных мод системы, были идентифицированы нормальные моды, сильно зависящие от движения ОА, и параметры ОА отрегулированы до тех пор, пока частоты нормальных мод, создаваемые AMBER, не будут достаточно близки к частотам, создаваемым квантово-механической моделью.
Предполагалось, что параметры Ван-дер-Ваальса для ОА аналогичны кислороду эфирного типа (ОС). Связь, угол и двугранные параметры были оптимизированы вышеуказанным методом. Особое внимание уделялось диэдральным параметрам в предположении, что непропорциональный неплоский изгиб ароматического кислорода в эозине или DACM вызовет преувеличенные флуктуации дипольных моментов хромофоров, что, в свою очередь, приведет к неточным результатам для МД. -расчетный
ценности. Один такой двугранный параметр, внеплоскостной ОА-изгиб, показан слева.
| Исходный ЯНТАРНЫЙ | Оптимизированный ЯНТАРНЫЙ | ||||
Описание | Частота QM. | Частота | Коэффициент | Frequency | Ratio |
| Out-of-plane ring twist | 115.5 | 139.9 | 1.21 | 140.2 | 1.21 |
Внеплоскостной изгиб OA | 277,6 | 221,4 | 0,80 | 280,4 | 1,01 |
Кольцевой изгиб в плоскости | 697,3 | 696,8 | 1,00 | 704,2 | 1,01 |
Ароматическое кольцо C стрейч | 1681. 3 | 1790.9 | 1.07 | 1790.9 | 1.07 |
Производственному циклу предшествовали 500 шагов минимизации сопряженного градиента, 2500 шагов уравновешивания с постоянным объемом и постоянной температурой и 5000 шагов уравновешивания с постоянным давлением и постоянной температурой. Траектория 925 пс было проанализировано. Нажмите на изображение, чтобы увидеть фильм о траектории размером ~ 10 МБ.
Параметры силового поля AMBER для биологически нетипичных атомов (брома и ароматического кислорода) в наших хромофорах были соответственно проверены и разработаны.